Cosa c' era ad Assisi prima di san Francesco? La documentazione archeologica, ricca gia' a partire dal tardo Eneolitico, abbraccia l' eta' del bronzo e prosegue fino all' epoca ellenistica, cui risale l' impostazione su terrazze della struttura urbana. Questo impianto fu riutilizzato dal comune ghibellino ( XII secolo ), sotto il quale la vita della citta' si organizzo' attorno alla piazza del mercato.
La costruzione nel corso del Duecento degli edifici francescani muto' le gerarchie degli spazi urbani e garanti' all' abitato un lungo periodo di benessere, con conseguenti ristrutturazioni edilizie ed un significativo ampliamento della cinta muraria, arrivata alle dimensioni odierne nel 1316.
Dopo gli interventi di ripristino novecenteschi, Assisi e' oggi un modello straordinariamente integro di centro medievale, in posizione eccezionale alle pendici del monte Subasio. L' immagine di questa cittadina umbra non puo' tuttavia essere separata dalla figura di san Francesco e di frate Elia. L' ideale francescano di pace e di fratellanza tra i popoli rivive ancora oggi nella marcia annuale della pace.

Il 3 ottobre 1226 muore il santo patrono d' Italia e dopo due anni ha inizio la costruzione della grandiosa basilica, destinata a diventare un riferimento architettonico e spirituale per tutta la cristianita': alla guida dei lavori, e' il successore di Francesco, Elia, che affida la posa della prima pietra a papa Gregorio IX.
Il tempio resiede nella sovrapposizione di due chiese, testimoni di differenti fasi costruttive.
La visita prosegue poi verso la basilica di santa Chiara costruita sul sito della Chiesa di S. Giorgio, dove fu sepolto S. Francesco, prima di essere traslato nel 1230 nella basilica.
L‘edificio è caratterizzato dall‘esecuzione di tutto il corpo con fasce rosa e bianche e dai maestosi archi rampanti di sostegno ai due lati della chiesa.
L‘interno è strutturato come la chiesa superiore di S. Francesco con una navata unica che termina in un transetto con abside poligonale. Sul lato destro della navata si apre la Cappella del Crocifisso che, insieme alla successiva Cappella del Sacramento, fu parte della navata della precedente Chiesa di S. Giorgio, dove Gregorio IX canonizzò S. Francesco nel 1228. Il Crocifisso su tavola nell‘omonima cappella sarebbe quello che a S. Damiano parlò a S. Francesco, ordinandogli di sistemare la Chiesa.